Какво се случи досега...

Сайлоните бяха създадени от хората. Те се развиха. И се опълчиха срещу създателите си.

Четиридесет години след Първата Сайлонска Война, те отново нанесоха удар на човечеството, унищожавайки 12-те Колонии. Заедно с последните оцелели цивилни кораби, поостарелият кораб-майка, нар. бойна звезда "Галактика", пътува из Космоса, опитвайки се да избегне атаките на Сайлоните в търсене на заветната тринадесета колония на човеците, позната под името Земя.

След месеци на преследвания и битки със Сайлоните, бойна звезда "Галактика" и намиращите се под нейна защита цивилни кораби се срещат и обединяват с "Пегас" - друг боен кораб на хората, успял да избегне сайлонските атаки. Заедно те нанасят ответен удар, с който унищожават възкресителния кораб на Сайлоните.

Изгубени

Разярени от загубата на възкресителния кораб, Сайлоните започват масивна контраатака срещу флотата на Колониалните. Изненадани и неподготвени, Колониалните решават да направят хиперскок, с който да спечелят време, но става нещо неочаквано. Огромен енергиен импулс претоварва хипердрайвърите както на колониалните, така и на сайлонските кораби и ги запраща някъде в безкрайното пространство.

Непознати координати

Действието в Battlestar Galactica Online се развива в пространство, намиращо се в периферията на галактиката, където нито Колониалните, нито Сайлоните са били преди това. Корабите и на двете страни са тежко повредени, а ресурсите им са на привършване. Оцеляването им се превръща в надпревара с времето и врага за намиране на тилиум, метали и вода, необходими за поправката и превъоръжаването на флотилиите. Колониалните отчаяно се опитват да намерят изход от ситуацията, за да продължат търсенето на Земята, преди Сайлоните отново да са събрали своите сили.